实验室非常重视公用平台的建设与发展，近年来围绕学科前沿和国家战略需求，重点建设了由五个中心（海洋观测技术与数据中心、海洋微型生物保种中心、海洋仪器研发中心、质谱中心和海洋痕量元素分析中心）和十三个功能实验室（碳分析、海洋微型生物生态、营养盐、光谱、海洋光生物学、分子生物学、生态毒理、海洋浮游植物、海洋生物影像、同位素、氮循环、海洋基因组学、环境基因组和生物信息学）组成的公共平台。

为保证这些公共平台更好地发挥作用，实验室于2008年建设了“大型仪器与技术服务中心（Center of Major Equipment and technology 简称为 COMET）”，以“推动大型科研仪器的资源共享、提高仪器使用效率”为宗旨，为培养高层次人才，开展高水平科研项目提供高效率、高水准服务。COMET 致力于全面规范化管理实验室安全、仪器设备以及技术人员培训和考核，成功建立了大型仪器网上预约共享系统，真正实行仪器公开透明化管理。目前有200余台大型预约共享设备面向校内外科研人员开放共享，注册会员3000余人，年均预约数1.8万余次。