2011-2012年度，实验室获批了国家财政部仪器专项经费7730万元，主要用于购置海洋现场观测和实验室公共平台设备。

目前已经到位的部分超大型设备使用状况如下：

• 454 高通量测序仪：2012年8月底运抵实验室进行安装调试，现已完成标准样品运行并通过检测；10月-11月，进行专业上机培训和生物信息学与软件运用培训；目前，454高通量测序仪运行正常，已获得了第一批甲藻基因组和转录组的数据，正在等待最后的验收。
• iCys定量影像细胞仪：2012年5月装机并进行近一周的培训，目前还在试运行阶段，该仪器应用领域包括细胞周期和细胞分裂，DNA 损伤和细胞凋亡，线粒体功能，细胞间相互作用，细胞迁移，免疫表型分析等。超高压液相色谱串联质谱仪：2012年5月完成安装并进行应用软件的培训。
• 连续流稳定同位素比值质谱仪：2012年6月份到货安装调试，于11月通过验收，目前运行情况良好；联合配置的Gas-Bench并经氮循环实验室改装后，可用于测定低浓度海水中硝酸盐、亚硝酸盐以及溶解有机氮中氮元素的δ¹⁵N值。LSM 780 NLO双光子激光共聚焦显微镜已经到货等待安装调试。